Innan översvämningen: hur stannade doktorn på denna plats under så lång tid?

Ja, han var i stasis kammaren hela vägen.

Vad betyder 139 år : från 1980 till 2119. Men eftersom det var en stasis -kammare, åldrade han inte under den tiden och det måste ha känt gillar bara ett ögonblick för honom. Han hade programmerat kammaren att öppna vid rätt ögonblick på instruktionerna av sitt eget "spöke":

CLARA: And [your ghost] saying the chamber will open?
DOCTOR: That was me telling me to get inside and when to set it for.

När det gäller din andra fråga kom han in i staskkammaren utanför scenen medan vi tittade på Fisher King, strax före dammen bröt. Under hela avsnittet Under sjön var han både ute i basen (där vi såg honom då) och även i stasis kammaren. Men det här är arten av tidsresor: människor kan vara på två ställen samtidigt, som vi också såg tidigare i före översvämningen när två kopior av doktorn och Bennett möttes nästan varandra.