Kort svar : Varpkärnan är avskärmad, men inte hela tiden.
Långt svar : Som Richard och jag har diskuterat i kommentarerna kan varukärnan vara innesluten i ett inneslutningskraftfält. Även om dessa områden i första hand är att skydda besättningen i händelse av ett brott så att de kan evakuera Engineering och kasta ut kärnan, föreslår jag att inneslutningsfält också kan absorbera en handfasers energi.
I TNG: Spelet bryggbesättningen försöker fånga Wesley genom att blockera korridorer med "säkerhetsfält". Wesley sätter sedan en phaser i brand på fältet som en felriktning. Trots att säkerhetsfält som är avsedda att styra människor, däribland kanske väpnade inkräktare, finns det ingen anledning att tro att de skiljer sig avsevärt från ett inbyggnadsfält i form eller funktion. Och som ett inneslutningsfält bör i teorin kunna absorbera energi av en kärnkorsbrott, även om det bara finns en anledning att tro att det inte heller kunde absorbera den lägre energin hos en phaser.
När det gäller varför fältet inte alltid skulle vara aktivt eller automatiskt aktiveras med en röd varning finns det ingen information som jag vet att adresserar detta uppenbara tillsyn i Starfleet SOP.