Det finns två grundläggande mekanismer:
- Salmonella är på skalet och när ägget blir sönder blir inredningen förorenad. eller
- Kycklingens reproduktionssystem är förorenat och innehåller ett ägg med förorenat inre.
För att minska den vanliga (några procent) skalföroreningen har ägg som säljs kommersiellt behandlats med sina skal (vanligtvis tvättas). Efter att ha tvättat endast ca 50 i varje miljon ägg kommer fortfarande att ha viss skalförorening. Skallföroreningen kan ha varit där när kycklingen lade ägget, från fekalitet eller som ett resultat av växtförädling.
I vissa sällsynta fall kan ytan salmonella göra det till insidan utan att bryta ägget: om det var där medan nagelkärlet torkades, om ägget lagras vid rumstemperatur eller om miljön är fuktig.