Förbi de senare filmerna måste The Matrix diskuteras som fristående film, den expanderade kanonen hade uppenbarligen inte skapats när den gjordes.
Hubris, för att de med goda skäl trodde att de inte behövde vidta några ytterligare försiktighetsåtgärder, varför?
Agenterna har inget att frukta från hackarna, de är en olägenhet, inte ett hot. Standardhackersvaret när man möter en agent är inte att slåss, den ska springa. Som Cypher sa till Neo
a little piece of advice: You see an Agent, you do what we do. Run!
Agenterna vet om de kan knäcka en hackare då den hacker är toast, även Morpheus var lätt att innehålla av Agent Smith.
Även agenterna hade sin mol, Cypher. Han återvänder till Nebukadnezzar och tar ut alla där, då finns det inget hot mot hackarna, ingen möjlighet att Morpheus blir urkopplad, ingen möjlighet till räddningstest.
Så agenterna installerar Morpheus i översta våningen i en säker byggnad, de har all anledning att tro att även om hackarna överlever Cypher och är galen tillräckligt för att försöka rädda försöket de kan enkelt ta ner dem.
Vem vet, kanske var detta en del av planen, om hackarna överlevde Cyphers attack och försökte komma till Morpheus, kunde agenterna bara torka ut resten av Nebukadnezars besättning. I själva verket efter den logiken kunde agenterna ha lagt Morpheus i en underjordisk bas avsedd att motstå en atombom och avsiktligt avlägsna entrén (de kan styra sin egen verklighet). Men om de hade gjort det skulle hackarna inte ha anordnat en räddning. Hackarna visste att de borde ha kopplade Morpheus, om de hade sett honom inskriven i den förutnämnda bunker som de hade visat räddning var omöjlig och skulle ha kopplat bort honom omedelbart och därigenom rädda zionkoderna från agenterna.
Så det är definitivt en möjlighet, så att det ser ut som ett räddningstest kan vara möjligt, bara för att stoppa hackarna att koppla ur Morpheus.
Så besättningen borde ha varit död (Cypher) varje räddningstest var mot omöjliga odds med mycket liten sannolikhet för ett framgångsrikt resultat. Neo själv förväntade sig inte att komma ut i livet, och han blev faktiskt dödad av en agent, han stannade bara inte död.
Oavsett hur du skär det kommer den tillbaka till hubris, de kände sig säkra i sin övertygelse om att de var oövervinnliga, hade planerat för alla händelser och kunde lätt hantera eventuella angrepp.