Varför kan Eli inte ångra vad han gjorde nära slutet av Seizure (SGU Season 2 Episode 15)?

Det var inget i avsnittet som förklarar varför Eli inte kunde vända proceduren. Den främst samma orsaken är som Asmor föreslog i kommentarerna till din fråga; "författarna ville tvinga Eli att" offra "dem samtidigt som de behöll karaktärerna i bakgrunden för möjliga framtida storyliner."

Additionally there wasn't any explanation of how the quarantine was supposed to work. Remember he was cutting Rush off from Amanda by moving 2 sentient computer programs that simulate Amanda & Ginn but which have also somehow become meshed together. Presumably they had to be moved to a non-networked computer on Destiny. However given the apparent speed at which they were moved to quarantine, it seems unlikely that they were transferred via non-networked methods (e.g. copied to an external hard drive).

    

Eli kunde inte ångra vad Amanda hade gjort för systemet (för att skapa den värld som Rush blev fast i), varför han var tvungen att flytta henne och Ginn i karantän (var man går det verkar den andra måste gå, från vad Jag kan komma ihåg det varför Ginn var tvungen att sätta i karantän), så om Eli skulle ta dem ur karantän skulle programmet fortfarande vara aktivt och utgöra kaos på Rushs sinne, eftersom stridsimuleringens Destiny sprang till överste Young.