Jag har aldrig sett Smallville (även om jag vet mycket bra om Superman), så mitt svar på frågan kommer att överensstämma med vad jag läste om kryptonite på < a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Kryptonite"> denna Wikipedia Wikipedia. Särskilt denna del:
In Smallville, Green Kryptonite is used to counter the effects of any other form of Kryptonite that may enter a Kryptonian's system, for example a kiss with red Kryptonite laced lipstick or Gem Kryptonite dust in the eyes. In Lois and Clark, a green Kryptonite bullet is also used to bring Superman back in control when his powers become over-amped by red Kryptonite and a sample of Kryptonite was used to starve out a Kryptonian virus.
Det kan konstateras att Green Kryptonite är ofarligt för Superman (eller någon annan Kryptonian) när den används med annan form av kryptonit.
När han först kom till Smallville 1984, skulle de skräp som följde med honom säkert ha haft en blandning av alla former av kryptonit och därför hade grön kryptonit varit ofarligt för honom.
Allt detta är givetvis ett antagande men jag tycker att det är typiskt logiskt.