Är du säker på att hon vet att den är inaktiverad?
Såvitt jag såg, efter att Joker avaktiverat sitt implantat, var texten som han skickade bara "det är dags, kom nu" eller något sådant - hon kom för att hon litade på honom, inte för att han skickade uppgifter om vad han gjorde för att göra henne säker. Och jag vet inte hur mycket av detaljerna som kan ha kommit i samtal innan de separerades igen.
Hon kanske inte visste att enheten var inaktiverad, i motsats till tillfälligt undertryckt. Hon kanske inte vet, om enheten var faktiskt inaktiverad, om Waller etc hade lyckats sätta på den igen när som helst efteråt (åtminstone inte vetat förrän det var för sent). Så hon agerade som om det var ett hot igen, för att hon inte hade någon anledning att veta att det inte var.
Jag minns också laget som reagerar på att de är rädda för bomberna, mer så tidigare i filmen - ett par exempel på "om han dör, dör vi" för att få dem att flytta och så. När enheten är avstängd, har hon en anslutning till Deadshot och Diablo, och så kommer tillbaka och stannar för att se ryggen och för om Joker var borta hade hon ingen annanstans att gå - och hon går till slutkampen eftersom hon är övertygad, inte rädd. Det skulle täcka de flesta av hennes handlingar efter att implantatet var inaktiverat, till slutet och gå tillbaka i förvaring. Det är knepigare att förklara om hon visste att enheten var inaktiverad, men kan förklaras av hotet mot hennes nya vänner (som hon tycks bryr sig om nu), gav muren till espressomaskinen Waller henne och möjligheten att hon var inte säker på om enheten var eller kunde återaktiveras vid någon tidpunkt.