Oavsett om alla Stormtroopers var kloner av 0ABY, gjorde Empire och använder icke-kloner för att utplåna Stormtrooper-rankningarna.
Dessutom är många Stormtroopers inte Kamino-kloner, utan de snabbare vuxna Spaarti-klonerna. Spaarti-processen är inte lika effektiv och kvaliteten är inte lika bra. Det finns mycket mer variation i Spaarti-kloner än Kamino-kloner. De sålunda skapade trooperna är fortfarande exceptionella soldater, men de är inte de välutbildade och flexibla klonpropparna.
En del av denna varians är fysisk - det finns Stormtroopers av olika höjder (vilket tydligt kan ses på Death Star i ett nytt hopp). Dessa höjdskillnader, antingen förklarade av mindre ren kloning eller icke-klonrekrytering, är synliga och närvarande i hela filmerna. Det är helt troligt att imperiet har ett minimumshöjdskrav för sina rekryterade Stormtroopers. Om så är fallet är det möjligt att Luke är kortare än detta. Med det sagt är fysisk höjd inte den sanna orsaken till Leias uttalanden.
Leia, som senator, ser Stormtroopers mycket. Som rebellledare är hon sannolikt ganska intresserad av sina handlingar, begränsningar och träning. Så när Luke går in, skulle det vara uppenbart för henne att han inte är en Stormtrooper. Hans rustning är en nära, men inte perfekt passform. Hans hållning är alldeles fel (Stormtroopers står höga, han hunches), och han bär sin rustning och bär hans blaster rifle som någon som inte brukar heller. Så länge han skyndade sig genom hallen, följde Solos ledning (en välskött stjärnpilot som en backwater farmboy skulle ha beundrat) och avsikt att bevisa sig, och Luke behöll sin besvärlighet till ett minimum. Den andra gick han in i cellen och såg föremålet för hans uppdrag (i en attraktiv 18-årig form) precis framför honom? All den där obekvämheten och farmboy-blygheten kom i framkant.
Leia skulle ha omedelbart vet att det var något annorlunda om denna Stormtrooper. Hon försökte fortfarande motstå förhör och till och med Vader och Tarkin, och kan ha misstänkt att detta var en knep av dem. Hennes första svar var baserat på det antagandet: en avgörande kommentar om inkräktarens fysiska statur. Mot någon som skickades för att förhöra henne skulle det ha misslyckats. Mot en gårdspojke som hade fallit in i något så mycket större än sig själv, och som redan var självmedveten? Det hade exakt den effekt hon gick för. Luke gick på defensiven och försökte rättfärdiga sig.
TL; DR : Luke är förmodligen inte under den minsta acceptabla Stormtrooper-höjden (rustningen passar ju trots allt) men visade många fysiska tecken som indikerar Leia att hon kunde få en fördel över en potentiell motståndare genom att göra en avlägsen kommentar. "Du är kort" är den som hon valde.