Jag har stött på det här problemet de första gångerna jag gjorde makaroner och ost från början. Saker som jag har lärt mig är:
Använd inte mjölk med låg fetthalt - Ju högre fetthalt desto smidigare kommer din ost att smälta / införliva.
När basen är gjord (mjöl, smör, mjölk "sås" - bechamel?) ta potten AV värmen. Ju mer din värme din ostsås, desto mer blir det gritty.
Om möjligt, blanda med en god smältost - för att göra min cheddar sås, använder jag 1 del moteray jack (som inte har någon smak (IMHO) men är en riktigt bra smältost) till 1 del skarp eller extra skarp cheddarost.
Hoppas det hjälper.