Jag skulle gissa anledningen till att flankering fungerar på det här sättet är enkelhet. Det är mycket lättare att säga att du måste komma till flanken och vara på motsatta sidor än att ha speciella fall kring små och stora varelser (som måste ta relativt stor storlek, inte absolut storlek i konto och D & D undviker det därhelst möjligt - titta bara på hur AC och attack bonusar för storlek normalisera saker att vara medium). För det mesta fungerar de befintliga reglerna bra.
Detta beror delvis på att datorer normalt är små eller medelstora, monster är normalt lite större än dem men inte gigantiska och gör saker mer komplicerade för saker som inte kommer upp så mycket lägger inte till spel. Dessutom har de för mycket stora varelser redan fått en stor straff för att AC är så stor och de har vanligtvis ett ganska stort antal träffpunkter. De är normalt svåra eftersom de kan ta träffarna, snarare än för att de är svåra att slå och på grund av detta bryr sig inte mycket om deras AC. En flankerande bonus är inte värt någonting om du redan träffar på ett tillförlitligt sätt utan det (om du inte klarar av precisionskador, men då darrar inte den gigantiska draken och stagar den i den svaga punkten där det saknas en skala precis vad en skurk ska kunna göra?).
Om du kör en kampanj där denna översimplisering kommer att orsaka problem, eventuellt för att du har en liten eller mindre PC eller att du kommer att kämpa mycket av dem, kanske du vill göra lite ändras för att få tillbaka en viss realism.
En enkel tweak att göra är att säga att du kan flankera ett varelse om du hotar dem. Om du är två dimensionerande varelser som flankerar en liten varelse och du är alla i samma torg fungerar flankeringen bra. Det gör det svårt att ta reda på vem som är där i den enda torget, som du fortfarande behöver vara på motsatta sidor av varelsen, så kanske skala upp storleken på allt i en liten skala. Till exempel, om du har 3 små äventyrare kämpar 7 diminutiva varelser gör bara de små varelserna medium för kampen och de små varelserna små. Gridreglerna fungerar bra, du antar att människor som kämpar är i samma 5ft kvadrat så att de kan träffa varandra (0ft nå) och vem som helst med ett räckvidd får fortfarande nytta.
Om du vill göra sakerna lite mer komplicerade kan du säga att du bara kan flanka någon om du kan nå mitten av varelserummet. En medium varelse kan flankera en stor varelse med ett normalt vapen, men de behöver ett räckvidd som ett spjut för att effektivt flankera en stor varelse. Det betyder att du inte kommer att flankera många större varelser eftersom du skulle behöva två tecken för att båda ska nå vapnen för att få en flank. För att fixa detta kan du säga att två tecken kan flankera ett varelse om deras kombinerade räckvidd passerar varelsen.
Nu kan två medelstora varelser med normala vapen flankera en stor varelse, en av dem behöver ett räckvapen för att flankera en stor varelse och de båda behöver nå vapen för att flankera en gigantisk varelse.
Detta straffar verkligen rogues och andra klasser som är beroende av precisionsskador eftersom de inte brukar nå vapen och om de inte kan flanka kommer de inte att kunna dra av en smygattack. Det finns redan många saker i spelet som slutar rogues ha kul (växter, elementals, undead, konstruktioner och oser för att nämna några) så de behöver verkligen inte mer. Som @Carcer påpekar nedan, gjorde Pathfinder bort med mycket immuniteter till precisionskador som olika varelser hade i 3: e ed, så skurkar har mindre saker som stör deras roliga än de brukade. Det är värt att komma ihåg att Pathfinder gjort ändringen av en anledning, och införandet av dessa flankerande förändringar kommer fortfarande att orättvist straffa precisionsskadklasserna, men sannolikt inte förändras så mycket för andra.
Du kan fixa det här genom att låta skurkar och andra precisionsskador klassa att använda de gamla flankeringsreglerna för att bestämma om de kan få smygattackskador men fortfarande kräver tillräcklig kombinerad räckvidd för att få +2-bonusen.
Det blir allt ganska komplicerat, men i slutet av dagen skulle jag fortfarande säga att de befintliga reglerna, bristfälliga trots att de är, är förmodligen det enklaste och mest balanserade sättet att hantera saker. Bara spela inte en liten skurk.