Uppfattningen av "kryddig" är helt beroende av personen. Och det finns också en "toleransbyggnad" sak: det som är oacceptabelt varmt för någon som inte är van vid värme kanske inte ens registrerar sig för någon som äter het ofta. Som en anekdote hade jag en vän som började äta varmt. Efter en månad började hon fråga kocken att använda ren tabasco istället för tomatsås på pizzaen. Efter en annan månad klagade hon på att pizzaen var gjord med tomatsås och den stackars kocken fick låta henne smaka henne från flaskan för att övertyga henne om att pizza verkligen var gjord med ren tabasco, det hade inte bara samma kick "för hennes eftertanke.
Från din beskrivning av din soppa känns bara varm nog för dig efter att ha lagt till sex habaneros med frön, verkar det som om du har utvecklat en extremt hög värmtolerans. Och det här skulle vara en förklaring till vad du observerade.
Sex habaneros innehåller en viss mängd X av kapsaicin. När din soppa är färsk, har peppar tillräckligt med capsaicinkoncentration som du märker det och njuter av det.
Men när du lämnar det ensam, löses buljongen upp i kapsicinen (till skillnad från rent vatten, fettet och kanske lösningsmedlen från vinägerna gör det möjligt för det). Så du hamnar med en slags "capsaicin-te".
Men kom ihåg att du har samma mängd X av capsaicin, denna gång späds i liter soppa, i motsats till att du klibbar allt i en bit peppar. Så nu när du biter på peppar, får du inte värmen. Men när man dricker buljongen är koncentrationen så låg att den inte registrerar sig för någon med hög värmetolerans. Ur din subjektiva synpunkt har värmen "försvunnit".
Receptets författares ursprungliga avsikt var säkert att hela soppen blev lite het. Och för personer med mindre värme tolerans, det kommer att fungera bra. De kommer att kunna äta buljongen och märka värmen, även med mycket lägre mängder varm peppar.
För dig verkar det som om du fortfarande inte har nått den dos som kommer att fungera för dig i en soppa. Så du kan lägga till mer capsaicin - använd antingen mer paprika eller hitta en källa för hetare. Om logistiken är ett problem, köp dem torkade. Men observera att hela soppen inte kommer att smaka så varmt som den enkla färska peppar (på grund av utspädningen), och också att du blir vant med tiden, precis som min vän med tabasco-pizza.