Han var där i en bunker när bomben släcktes. Men det betyder inte att han var där under hela kriget. WW2 varade i många år under vilken Wolverine slogs i vissa strider och flyttade från plats till plats. Även efter bombningen behöver han inte stanna kvar i bunkeren mer än några dagar på grund av sina regenerativa förmågor.
Enligt wikia var han där som krigsfanger, vilket innebär att han verkligen kämpade i några tidigare strider under andra världskriget. Nedan finns en text från wikia:
Sometime during 1945, James transfers from the European front to the Pacific front, where he is captured by Japanese forces prior to August 9, and is sent to a POW camp near Nagasaki. During the Nagasaki bombing on August 9, 1945, James saves the life of Ichirō Yashida, a young officer in the Japanese Imperial Army. After saving his life, Yashida thanks him and offers a Japanese samurai sword as a token gratitude. James refuses, but says to hold onto it for him, promising to return for it in the future.