Nej, du borde inte ha problem bara på grund av det. Baserat på personlig erfarenhet är gränsbevakningar i Spanien ganska lax på stämplingspass (i strid med Schengengrenskoden, BTW), och deras ambassader vet det.
Håll på ditt ombordstigningsbevis och bevis på din närvaro utanför Schengenområdet (vissa kvitton mm), och presentera det för ambassaden om du utmanas. Schengen-ambassader följer i allmänhet upp med dig om det behövs lite extra pappersarbete (igen baserat på personlig erfarenhet).