Varför är doktorn ibland rädd att dö (eller faktiskt dör) istället för att regenerera?

Två skäl. En vi lär oss under episoden, och en vi lär oss senare.

Först:

Det särskilda giftet som floden använder identifieras av TARDIS-röstgränssnittet som "Judas trädets gift" och konstaterar att "regenerering [är] inaktiverad".

Från transkript:

HOLO-AMELIA: Your system has been contaminated by the poison of the Judas tree. You will be dead in thirty two minutes.

DOCTOR: Okay. So, basically better regenerate, that's what you're saying.

HOLO-AMELIA: Regeneration disabled. You will be dead in thirty two minutes.

DOCTOR: Unless I'm cured, yeah?

HOLO-AMELIA: There is no cure. You will be dead in thirty two minutes.

Tystnaden vet att doktorn är en tidsherre; De vet att han kan regenerera. Så, om de vill döda honom, skulle de ha haft hittat något som kunde kringgå sin regenerativa förmåga. Förmodligen har detta specifika gift den förmågan.

(På grund av varför flodens regenereringsenergi fungerar när doktorns egen inte skulle - kanske det beror på kvantiteten av energi, hon gav honom alla sina återstående regenereringar på en gång. eftersom giften på något sätt är anpassad till hennes bioenergi, det är därför hon kan få den på hennes läppar utan att döda henne, men bara det är att läkarens läppar räcker för att förorena sitt system.)

Men ännu viktigare, (och jag förstör detta eftersom jag inte vet om du har tittat bortom det här avsnittet):

The Doctor doesn't have any regenerations left at this point. He may be the 11th Doctor, but he is on his 13th and final incarnation. There is an entire regeneration between the 8th and 9th Doctors that fought in the Time War that refused the name "Doctor" that he doesn't talk about, and the partial regeneration of the 10th Doctor during Journey's End winds up also counting. So it turns out that even a conventional weapon would have killed the Doctor at this point, though he's going to great lengths not to let anyone know that. (Wouldn't you?)