Även om det inte förklaras i detaljer, tror jag inte att det är en plothole.
Först och främst har Storbritannien ingen dödsstraff, så Eurus måste innehålla någonstans. Naturligtvis vet vi att den brittiska regeringen kan använda mordmästare i tid (Mary och hennes AGRA-lag), men det är osannolikt att Mycroft skulle tillåta det. Kom ihåg hur kraftfull han är i regeringen ("Han är regeringen" som Sherlock beskriver honom under första säsongen).
Så måste Eurus vara låst någonstans. Som förklarat i episoden är Sherrinford det säkraste fängelset i Storbritannien. Det är inte perfekt, men perfekt säkerhet existerar inte. Och som i de flesta säkerhetsbrott är problemet inte tekniken (Sherrinford-anläggningen) utan ett mänskligt problem. Med presedensen av guvernörens manipulering som leder till hans självmord i åtanke kommer alla att följa Mycrofts direktiv, inklusive Mycroft.
Vi kan också anse att Eurus inte är ett hot längre . Eller åtminstone ett mindre hot. Faktum är att titta på avsnittet av episoden. Hon ville inte hämnas på Sherlock, eller röra med honom, men hon letade efter broderlig kärlek från Sherlock på hennes galna sätt. Som sagt i episoden var Sherlock hans favorit när de var barn. Hon blev avundsjuk på Redbeard och oavsiktligt dödade honom. Oavsiktligt för att det är klart att gåtan var bara ett sätt att leka med Sherlock och få sin uppmärksamhet. Observera att hon använde gravarna med felaktiga datum som Sherlock älskade som en nyckel för hennes gåta. Dessutom är planetspelet en metafor av hennes situation, utestängt från människor och ett samtal för hjälp till Sherlock.
Som en sociopath är hon en fara för människor och kan skada dem. Men hon startade nu en relation med sin bror och med sina föräldrar så är hon nu kontrollerad i Sherrinford.