Vi vet inte riktigt som det inte står i böckerna. Men här är min utbildade gissning: Vi lär oss från hemlighetskammaren, att det finns dolda platser inom Hogwarts som endast är tillgängliga från vissa platser. Jag tror inte att det är osannolikt att det finns fler dolda ställen så.
Ta ett krav till rummet: Dess inträde ligger i sjunde våningen och det finns fortfarande en hemlig passage till Hogsmeade ...
Jag tror att fängelsehålorna hade varit där för alltid och de råkade vara tillgängliga från den fällbara dörren på tredje våningen.
Deras enda-dolda ingång gör dem förutbestämd för att dölja filosoferstenen.
Så jag antar att de inte byggde platsen för att gömma stenen ursprungligen men snarare valde det bästa stället de hade och gjorde det ännu svårare att komma åt med sina fällor / stavar.