Jag tror bara att det är för att han vet att det är dags att han måste ta hand om sin obrutna löfte och hans löfte till Dumbledore. Därför vet han att han måste gå nu och döda Dumbledore som planerat.
Men hur ska han komma till Astronomitornet och göra sitt jobb utan Flitwick efter honom?
Och om han följer honom, hur ska han förklara för honom vad han ska göra? Ingen vet om planen och det var Dumbledores vilja att ingen borde veta till slutet. Genom stupefying Flitwick verkar Snape på det enda rimliga sättet.
Han vill inte ha någon av professorerna som följer honom på väg upp till Astronomitornet.
Redigera:
Som diskuteras i kommentarerna i detta svar kan det vara lite svårt att säga Snape är stupefying Flitwick eftersom han kommer att döda Dumbledore. Vid det ögonblicket visste Snape inte om Dumbledore redan är tillbaka i Hogwarts. Och eftersom Dark Mark har gjutits före Dumbledore och Harry återvänt, vilket också är den specifika anledningen till att Dumbledore och Harry flyger till Astronomitornet och inte bara till ytterdörren, vet inte ens läsaren om Dumbledore och Harry är tillbaka på den här tiden händer.
Men vad vi tydligt kan säga är att Snape visste att det var något som händer i Hogwarts. Så han störde Flitwick för att om båda mötte Death Eaters skulle det vara en något obekväm Situation för Snape eftersom han inte kunde attackera Death Eaters, varken han kunde döda Flitwick, så båda sidorna skulle ha ställt några svåra frågor. Därför är stupefying Flitwick helt enkelt det enklaste sättet att undvika dessa omständigheter.
Jag bytte inte det ursprungliga svaret, så att alla kan se hur vi lyckades komma fram till den här slutsatsen. Också tack till @DavidS för att peka ut problemet.