Jag vet inte specifikt för landet du befinner dig i, men i många länder beror det på att toaletten töms direkt på spåren, även i länder med relativt moderna tåg. Även i Storbritannien gör vissa tåg fortfarande detta (jag fick reda på när jag letar efter järnvägsforum i Storbritannien)
En annan anledning är att toaletter på tåg kräver pumpar, och i stationen finns det inte tillräckligt med extra kraft för att toaletten ska kunna spola korrekt. Detta kan vara dammtryck eller elektrisk pump, beroende på typ av tåg och toalett.