Eftersom Sidious inte ville ha henne död då. Han behövde henne att underteckna fördraget.
Från skriptet för avsnitt 1:
Först i en tidig scen, inser Captain Panaka att drottningen är i fara för att bli kidnappad.
CAPT. PANAKA : They need her to sign a treaty to make this invasion of theirs legal. They can't afford to kill her.
När kidnappningen misslyckas diskuterar Sidious det faktum att han behöver henne vid liv.
DARTH SIDIOUS : Destroy all high-ranking officials, Viceroy ...slowly...quietly. And Queen Amidala, has she signed the treaty?
NUTE : She has disappeared, My Lord. One Naboo cruiser got pat the blockade.
DARTH SIDIOUS : Viceroy, find her! I want that treaty signed.
NUTE : My Lord, it's impossible to locate the ship. It's out of our range.
DARTH SIDIOUS : ...not for a Sith...
A second SITH LORD appears behind DARTH SIDIOUS.
DARTH SIDIOUS : (Cont'd) ...Viceroy, this is my apprentice. Lord Maul. He will find your lost ship.
När Amidala har överträffat hennes användbarhet (avsnitt 2) skickas en bounty hunter för att döda henne.
När det gäller specifikt varför Sidious valde att skicka Maul istället för en bounty hunter för att kidnappa henne, är detta aldrig spelt ut i filmen, men Sidious och Mauls konversation innebär att avslöja existensen av Sith är en del av Sidious 'plan.
DARTH SIDIOUS : Move against the Jedi first...you will then have no difficulty taking the Queen back to Naboo, where she will sign the treaty.
DARTH MAUL : At last we will reveal ourselves to the Jedi. At last we will have revenge.
DARTH SIDIOUS : You have been well trained, my young apprentice, they will be no match for you. It is too late for them to stop us now. Everything is going as planned. The Republic will soon be in my command.