De spenderar inte mycket tid på att förklara detta i filmen, du måste styra den tillsammans från olika bitar av dialog under den scenen (och andra senare). Men, Ultron är inte "i" scepteren, snarare innehåller scepten den sista tekniken Stark och Banner som behövs för att slutföra byggandet av Ultron-projektet.
Med tanke på att Banner redan var bekant med Ultron i början kan vi anta att det var namnet på ett projekt som Stark och Banner hade arbetat med. Förmodligen, någon form av AI som skulle vara självmedveten nog för att försvara jorden mot tidigare okända hot (särskilt främmande). Mycket av arbetet med att bygga det var tydligen på plats. När JARVIS granskade scepter såg det att det fanns något inuti, att det tolkades som "kod" för ett nytt, avancerat operativsystem. Men medan JARVIS OS är klart artificiellt och digitalt såg "koden" inuti spetsen mycket mer organiska och flytande ut, som om du kanske tänker dig att en "biologiskt baserad" dator kan se ut.
Tony trodde att han kunde anpassa koden från scepten och på något sätt ändra den till gränssnittet med det befintliga Ultron-projektet. Som det visar sig var "sak" inne i spetsen faktiskt Mind Stone, som är ett objekt som är långt mer avancerat och kraftfullt än någon jordbaserad teknik. Så, när Tony försökte utnyttja den kraften och i huvudsak pluggar den i sin befintliga teknik, tog den snabbt över. Kombinationen av alla dessa saker - Mind Stone-kraften, Stark-hårdvaran och de befintliga "spara världen" -protokollerna som Tony redan hade byggt in i Ultron-projektet, alla kombinerade för att göra enheten känd som Ultron.
Precis varför det finns en datorkod inuti en miljonårig magisk artefakt från början av skapelsen, förklaras inte riktigt, mycket mindre hur JARVIS och Tony känner igen det som ett operativsystem. Om jag skulle spekulera, skulle jag misstänka att det bara var sättet som Mind Stone valde att utsätta sig för Tony, i en form som den visste att han skulle känna igen. Vi vet att Mind Stone är oerhört kraftfull, speciellt med mentala förmågor - det gjorde Strucker smartare bara runt det - så att Toni hjärnan kunde räkna ut någon form som skulle låta honom förstå och använda sin kraft skulle vara trivial för den.