För att expandera på @Juan Manuel svar lite:
Walter byggde ursprungligen en enhet som kunde se andra parallella universer, baserat på Fringe universums version av världens teori. Han använde den enheten för att titta på alternativa versioner av sig själv, försöka lösa problemet med Peters dödliga sjukdom, något som han inte kunde göra i tid. Walter hittade många sådana universum, ingen av dem botade framgångsrikt Peter. Han var inriktad på en viss värld där den alternativa han var nära att lösa problemet när sakerna gick åt sidan.
Han hände just att se Walternates experiment lyckas, i samma ögonblick som Observer September distraherade Walternate, vilket ledde till att han missade resultatet. Walter bestämde sig sedan för att han verkligen skulle gå till det andra universum och rädda Peter. (Fullt avsikten tror jag att återvända till Peter när han var klar.) Det var då Walter byggde den faktiska brygganordningen för att resa till det universum och hämta Peter, bota honom och återvända honom.
När han äntligen gick igenom med sin plan var slutresultatet att Peter stannade i vår värld, och nu var det en obalans mellan de två världarna. Det bundet dessa två specifika universum tillsammans på ett sätt som andra universum inte var. Walter stängde bron, men det var fortfarande "där" i viss mening att de två universum var anslutna och "rör sig ihop".
I teorin kunde Walters broanordning ta någon till något annat universum, förutsatt att de kunde "hitta" det och kalibrera maskinen korrekt. Det är helt enkelt att vårt universum och första universum var enklaste att överbrygga (har gjorts en gång), och det var liten incitament för någon från varje universum att hitta en tredje.