Kommer att bli ett kort svar, för att vi verkligen inte blir fulla i universums svar.
Jag skulle anta att det inte skulle fungera av samma skäl att de inte bara kan använda en jätte replikator för att plopa ut nya skepp. Vi är aldrig riktigt berättade varför, men vi får tips som "strukturen är för komplicerad", "materialet är för komplicerat" etc etc.
Det finns delar av skeppet som kan replikeras, men det finns många delar som, av någon okänd anledning, inte kan. Det är därför som dilithium och trilithium fortfarande bryts ut, och jag antar guld och latnum är inte heller replikerbara (annars varför skulle de användas som valuta).
Jag skulle föreställa mig att dessa samma restriktioner gäller för holografier som det förklaras många gånger som "precis som transportören eller replikatorn" med en blandning av "kraftfält och fotoner" blandade det när det var bekvämt.
Allt sagt, jag tror att det var ett TNG-avsnitt där antagonistens skepp var mestadels holografiskt, men jag kan inte tycka att det är så, det kan vara allt i mitt huvud.