Det återkommande temat i Matrix-trilogin är ett enda ord: val.
Neo tror inte att han är Den, och utövar sig inte som om han kan återskapa matrisen, som han anser lämplig, per Morpheus beskrivning av vad Den Enas definierande egenskap är. Det är först när han står inför gaffeln för att dra ut kontakten på Morpheus eller försöker rädda honom, börjar han själv inse det."The Oracle... she told me this would happen, she told me... that I would have to make a choice." - Neo
Senare Morpheus förstärker denna idé, innan Neo kan uttrycka sin egen tvivel:
"Neo, sooner or later you're going to realize just as I did that there's a difference between knowing the path and walking the path." - Morpheus, to Neo
Slutligen, när han står inför vad borde är det inte-brainerade beslutet att springa från Agent Smith, stannar han. Han slutar för att han kan; Han tror inte att han är Den, han ifrågasätter inte att detta Agent fysiskt kan bäst honom, men han slutar för att han kan. I filmens sista minuter stoppar Neo kulorna från de förenade agenternas vapen med ett enda ord, försvarar sig från Agent Smiths försök att attackera med en arm och avvisar honom med en enda spark. Vi kan inte veta vad han upplever just nu, men han verkar helt enkelt välja att förneka vad som händer runt honom. Bullets flyga; han avvisar sin tröghetsposition (det finns inte i alla fall, åtminstone inte i matrisen). Smith attacker han spenderar ingen ansträngning för att retaliera, hans uttryck är fokuserat och lugnt. Han väljer helt enkelt att inte bli träffad.
Senare i serien ser vi att Smith är levande och väl, och har tvång för olydnad. Han insisterar på att detta är resultatet av kopierad eller överskriven data:
Smith: I don't fully understand how it happened, perhaps some part of you imprinted on to me, something overwritten or copied, it is at this point irrelevant. What matters is whatever happened, happened for a reason.
Neo: And what reason is that?
Smith: I killed you Mr. Anderson, I watched you die, with a certain satisfaction I might add. And then something happened. Something that I knew was impossible but it happened anyway. You destroyed me Mr. Anderson. Afterward, I knew the rules, I understood what I was supposed to do, but I didn't. I couldn't. I was compelled to stay, compelled to disobey. And now here I stand because of you Mr. Anderson, because of you, I am no longer an Agent of this system, because of you I've changed, I'm unplugged, a new man so to speak. Like you, apparently, free.
Smith är belastad med ett överflöd av val; där han en gång uppfyllde sina uppgifter och lydde världens orsak och verkan som han fanns i, ser han nu att han inte behöver göra något av det. Tyvärr uppfattar han detta som rånad med syfte, och fortsätter att skruva upp alla saker.
När filmen fortsätter får vi avgörande inblick i The Matrixs hemliga och stötande block. Det är baserat på en felaktig förutsättning för att underlätta det oförutsedda beteendet hos medvetna människor som avvisar The Matrix mentala fängelse.
The Architect: As I was saying, she stumbled upon a solution whereby nearly ninety-nine percent of the test subjects accepted the program provided they were given a choice - even if they were only aware of it at a near-unconscious level. While this solution worked, it was fundamentally flawed, creating the otherwise contradictory systemic anomaly, that, if left unchecked, might threaten the system itself. Ergo, those who refused the program, while a minority, would constitute an escalating probability of disaster.
Faktum är att - även med Smiths stora förmåga att matcha Neo point-for-point i den senaste filmen, kan han inte tvinga sitt inlägg och när han blir ombedd att svara:
Smith: "Why, Mr. Anderson? Why do you do it? Why get up? Why keep fighting? Do you believe you're fighting for something? For more than your survival? Can you tell me what it is? Do you even know? Is it freedom? Or truth? Perhaps peace? Yes? No? Could it be for love? Illusions, Mr. Anderson. Vagaries of perception. The temporary constructs of a feeble human intellect trying desperately to justify an existence that is without meaning or purpose. And all of them as artificial as the Matrix itself, although only a human mind could invent something as insipid as love. You must be able to see it, Mr. Anderson. You must know it by now. You can't win. It's pointless to keep fighting. Why, Mr. Anderson? Why? Why do you persist?"
Neo: "Because I choose to.
Praktiskt taget alla aspekter av de stora teman i The Matrix kretsar kring valets roll som existerar. Medan det är bemyndigande för människor som Neo, Morpheus och Trinity, måste antagonisten Smith ansluta den till en anledning . Det måste vara ett medel till ett slut, inte ett slut på sig själv. Det orsakar fluktuationer i matrisens kod som kräver en ren installation av det primära programmet varje 100 år eller så. Matrix-trilogin använder förgreningarna av "förmågan att välja" som den mest avgörande skillnaden mellan mänsklig och maskinmedvetenhet.