Why can't Deus Ex Machina eliminate obsolete and defective programs?
Eftersom programmen måste återgå till källan som ska raderas, och de kan välja att inte återvända till källan. Agenter försöker stoppa program som flaggas för radering, men om de inte lyckas så kan programmet överleva. Detta system förklaras av Oracle:
The Oracle: ...Every time you’ve heard someone say they saw a ghost, or an angel, every story you’ve ever heard about vampires, werewolves, or aliens is the system assimilating some program that’s doing something they’re not supposed to be doing.
Neo: Programs hacking programs. Why?
The Oracle: They have their reasons, but usually a program chooses exile when it faces deletion.
Neo: And why would a program be deleted?
The Oracle: Maybe it breaks down. Maybe a better program is created to replace it – happens all the time, and when it does, a program can either choose to hide here, or return to The Source.
Neo: The machine mainframe?
The Oracle: Yes...
The Matrix Reloaded (transcript)
Varför måste programmen återvända till källan som ska raderas? En anledning är att någon människa med tanke på ett synligt program när det raderas kommer se något väldigt konstigt som bryter Matris illusion (förmodligen skulle programmet plötsligt försvinna). Det finns förmodligen också en teknisk begränsning: Programmen i matrisen "körs" precis som din webbläsare körs när du läser detta - och du kan inte ta bort ett program som för närvarande körs (du måste stänga det först). Programmen måste därför sluta springa (återvänd till källan) innan de kan raderas.
Det faktum att programmen har val i frågan kan också återspegla det faktum att människor får ett (nästan omedvetet) val att acceptera matrisen enligt Oracles valbaserade modell:
The Architect: [The Oracle] stumbled upon a solution whereby nearly 99% of all test subjects accepted the program, as long as they were given a choice, even if they were only aware of the choice at a near unconscious level.
The Matrix Reloaded (transcript)
How did the Twins, the Merovingian, and the Smiths escape "his" control?
Merovingian är en trafficker av information så han är skicklig att undvika agenter (för att han vet var Agenter är fungerar och kan undvika dessa platser). Det är också hur han hjälper alla sina exil minions att undvika agenter och undvika att radera. Dessutom har många exilprogram speciella förmågor som gör det svårt för agenter att gripa dem: Twinsna kan bli som spöken, Smith kan göra kopior av sig själv (även om en agent äger den kropp som Smith kopierar sig på).