Order 66 var den ordning som kansler Palpatine gav republikens stora armé i avsnitt III: Revenge of the Sith. Det var en av flera beredskapsuppdrag som gavs till Clone Troopers, som de utbildades för att följa utan tvekan i en nödsituation. Order 66, som endast kunde genomföras på Palpatines direkta kommando, uppmanade Clone Troopers att döda sina Jedi-ledare. Uppenbarligen på plats för att hindra Jedi från att vända sig mot republiken var Order 66 verkligen Palpatines plan att eliminera Jedi Order så att Sith kunde ta makten.
I universum: I order 66 anges:
I händelse av att Jedi-officerare agerar mot republikens intressen och efter att ha mottagit specifika order verifierade som kommer direkt från den översta befälhavaren (kansler), kommer GAR-befälhavare att ta bort dessa officerare med dödlig kraft, och kommandot över GAR kommer att återgå till Överbefälhavare (kansler) tills en ny kommandostruktur upprättas.
När Order 66 utfärdades trodde ett antal Clone Troopers att det var en falsk order och började skydda Jedi istället för att döda dem. Flera andra Jedi överlevde genom att döda de attackerande Clone Troopers.
Darth Vader ledde kampanjen för att jaga och döda de flesta av de överlevande under åren efter Order 66. Denna kejserliga förstörelse av Jedi är känd som den stora Jedi-rensningen. Över 100 Jedi och tidigare Jedi gömde sig och överlevde hela rensningen; till exempel Yoda och Obi-Wan Kenobi överlevde genom att gå i exil på de avlägsna planeterna Dagobah och Tatooine.