Jag kan tänka på några alternativ:
Som PhoenixBlade9 noter hade Barty Crouch Jr. innehav av Marauder's Map för det mesta av Fire of Fire . Se det är potential använd i ytterligare Death Eater aktivitet, berättar han Voldemort om hemlig passage, som sedan berättar Snape när han blir rektor.
Sirius och Lupin visste båda om passagen, och de kunde ha meddelat Ordern när den inkluderade Snape. I synnerhet kunde jag se Lupin berättar Order och Hogwarts personal om passagen tillbaka när skolan var starkt bevakad av Aurors i Half-Blood Prince .
Wormtail visste också om passagen. När Snape blev rektor, kunde han ha givit Snape en heads-up.
Snape, efter att ha sett Harry vid häxan både före och efter sin olagliga Hogsmeade-utflykt, gör anslutningen självständigt. Även även om han inte har någon aning om entrén, placerar han vakter i den korridoren som en försiktighetsåtgärd.
Jag tror att 2 är mest sannolikt. Det är värt att notera att Death Eaters inte använde passagen tillbaka när de försökte räkna ut hur man smugglar i hitlaget under bok 6, även om Wormtail visste om det. Det verkar som en ganska bra indikation på att passagen bevakades också då.