Jag ser två förklaringar som skulle vara meningsfulla:
Yoda var för svag, fysiskt, att vara till nytta. Han var äldre, och levande på Dagobah hade säkert tagit sin vägtull på sin fysiska styrka. Hans koppling till kraften kunde ha varit starkare än den var under klonkrigen, men hans kropp skulle definitivt bara ha blivit svagare. Det finns ingen garanti för att han skulle ha använt sig i en kamp med blåsare och ljusabbor, och eventuellt kunde ens ha varit ett hinder.
Yoda skulle ha gjort sannolikheten för deras flykt ännu mindre sannolikt. Yoda gömde sig på Dagobah, maskerad av planetens starka Dark Side aura. Vi kan anta att inte ens kejsaren var medveten om Lukes utbildning med honom. Vader och Palpatine antog att Luke själv hade tränat efter Obi-Wans död, och trodde troligen att han utan en lärare lätt kunde vända sig till Mörksidan. Kom ihåg: Vader LET Luke och vänner rymmer Bespin. Om han ville ha dem döda från början, skulle de vara döda. Hade Yoda konfronterat Vader med Luke, hade Vader plan troligen snabbt skiftat från att försöka slå Lukas till att döda dem båda så fort som möjligt.
Det är inte heller omöjligt att en del av Yoda önskade att Leia skulle räddas, om Luke så småningom skulle falla till Mörksidan.
Låt oss titta på de möjliga resultaten:
Yoda och Luke är: Luke är det sista hoppet, blir lättare på grund av sorg och ilska att hans vänner dödades / fångades.
Yoda och Luke går: Båda är förmodligen dödade av Vader. Leia fångades. Hoppet är förlorat.
Yoda stannar, Luke går: Luke konfronterar Vader. Leia fick en chans att fly. Vader kanske inte dödar sin son. Yoda frysningar i träskhytten med sin nya ficklampa leksak.
Yoda spelar på vad som utifrån hans perspektiv verkar vara det enda sättet att både hålla Luke långt ifrån den mörka sidan och behålla sin egen närvaro gömd. Han kommer säkert ihåg vad som hände förra gången en Skywalker förlorade någon de trodde de kunde spara, och som makaber som det låter tror han förmodligen att Luke är bättre död än att ge kejsaren Darth Vader 2.0.