Om du slutar tänka på det som bra killar / dåliga killar, blir det bättre.
I episoderna I, II och III har Republiken gröna laserade vapen och i episoderna IV, V och VI Empire har gröna laserade vapen.Kom ihåg att en av dessa institutioner kom från den andra och genom förlängning förvärvade hela sitt befintliga militära komplex. För att inte nämna alla fartyg som redan existerade med gröna lasrar i dem.
Så i princip använder Lucas de gröna lasrarna för att visa anslutning och förskuggning mellan republiken och imperiet. Och de röda lasrarna är helt enkelt för att ge kontrast.
Förnuftet för de här färgerna är specifikt täckt ganska bra genom detta svar .
US and NATO (1st world nations) tracer rounds are standardized as red in color, whereas the second world countries associated with the USSR used green (in particular, Communist China used green pretty exclusively according to the sources I've found). This means that Americans who fought in Vietnam or Korea would associate green rounds with the enemy and red rounds with friendlies. There are exceptions to this rule but it generally held. This is consistent with the blaster rounds in star wars.