Förmodligen för att han inte visste om det. Händelserna Thor: The Dark World äger rum under en relativt kort period av några dagar. Under den tiden, Aether:
Det var inte tillräckligt med tid för Thanos att lära sig att Aether hade återställts (efter att ha gått förlorad i årtusenden), mycket mindre för honom att skicka några agenter för att återställa det.
På grund av vad vi ser i Galaxens väktare verkar det som att Samlaren samlar infinitystonesna för sig själv, inte Thanos. Förmodligen vid någon framtida punkt kommer Thanos att ta Aether från Collector.