Svaret är att ingen av de senare två sakerna någonsin hände tack vare Days of Future Past som tar bort de två filmerna från kontinuiteten.
En av de viktigaste delarna i Dagar i framtiden förflutna är att Wolverine ändrade tidslinjen, vilket förändrade allt som hände från 1973 framåt. Producerna av serien X-Men har öppet erkänt detta, både in-univers och out-of-univers.
Specifikt Dagar av framtida förflutna helt upphävde händelserna av X-Men Origins: Wolverine och X-Men 3: The Last Stand . Allt du såg hända i de två filmerna kan du låtsas inte hända.De två scenerna du citerade är faktiskt två av de scener vi känner för ett faktum inte kan ha hänt.
Vi känner från X-Men: Apocalypse att Jean kom till Xaviers skola som en mycket yngre kvinna, till synes självständigt, och att Magneto inte var någonstans att hitta när det hände. Det verkar inte heller vara något "block" på hennes psykiska kraft. Så det finns inget sätt att Xavier och Magneto gick till sitt hus tillsammans för att träffa henne som ses i X-Men 3 .
Vi såg också Strykers anläggning där Wolverine hölls, och det finns ingen indikation på att han höll någon gisslan. Xaviers skola var redan väl etablerad vid den tid Wolverine flydde från Stryker, och hela slutplatsen (bryter barnen ut, kämpar mot False Deadpool, etc.) har aldrig hänt.