Om du pratar om när Rory var en auton i The Pandorica Opens och därför hade en pistol i sin plastiska hand, är svaret att han gick tillbaka till att vara mänsklig efter att universum omstartades i den efterföljande episoden The Big bang.
Jag var lite förvirrad över det här själv tills doktorn sa detta runt mitten av nästa säsong, i en bra man går till krig:
DOCTOR: No! No! Impossible! It's all running about, sexy fish vampires and blowing up stuff. And Rory wasn't even there at the beginning. Then he was dead, then he didn't exist, then he was plastic. Then I had to reboot the whole universe. Long story.
Som jag är ganska säker på är en bekräftelse på att Rory är mänsklig efter "omstart".
Rory skär också sin hand på ett svärd i svarta spotets förbannelse. En Auton skulle förmodligen inte skadas så enkelt.