Du kan förmodligen.
Det verkar som om det är meningen att du kan använda dina naturliga attacker från eidolon, oavsett vilket redskap din karaktär har på sig. Som du noterade säger den syntetiska texten att "Syntesen bär eidolonen som genomskinlig, levande rustning". Jag skulle tolka detta som att ha på sig eidolonet, inklusive hans klor, över ditt normala redskap. Således kan du bära stövlar (eller handskar eller något annat redskap) och gör fortfarande dina klådaattacker.
Emellertid
Det finns ingen RAW-stöd för att du kan använda klorna medan du bär "eidolon", och det finns inte några RAW-stöd som du inte kan. Så talar du med din DM.
På en sidotot: Om din DM reglerar att du inte kan använda kloattackerna eftersom du har på dig stövlar, kan du alltid försöka få "Anklebands of Speed". De skulle fortfarande uppta samma magiska objektspår (fot) och därmed kosta samma belopp, samtidigt som de inte stör dina kloattacker. Även om det här tekniskt skulle vara ett anpassat magiskt objekt.