Detta förklarades aldrig konkret i något av det kanonmedium jag känner till, men jag har en teori.
Morpheus förklarar följande två saker om matrisen:
- Matrisen är byggd på regler, men några regler kan böjas eller brytas.
- Sinnet gör att några skador som uppträder i matrisen också uppträder i verkligheten, eftersom sinnet är oskiljaktigt från kroppen.
Som sådan tycker jag att en del av anledningen till att han inte kan bryta reglerna om att bli skadad är att reglerna kring skada inte kan vara helt brutna. Observera att de är böjda ibland, som när han stannar ett svärd med handen och bara lider en mindre skära, under striden med Merovingianens goons. Dessutom skulle jag misstänka att den sanna skaparen av kärnan reglerar skada och död är sinnet, inte matrisen, vilket skulle förklara varför Neo inte kunde fullständigt bryta dem.