Enligt filmens manusförfattare; David N Weiss flög de där. På Dragon.
Som @zibbobz noterar i sin kommentar lär vi oss i den sista scenen att draken också har rest till långt långt borta. Det är mycket rimligt att anta att Pinocchio et al kunde flyga från Shrek's Swamp till Far Far Away on Dragon, och förklarade lätt hur de kunde resa så snabbt.
Jag borde dock understryka att detta är ett antagande. Jag har inte hittat något bevis.