Ja, tekniskt sett har vi det här bara ett kontinuitetsfel som, tack vare tidslinjen har ändrats med intorudion av DoFP, kommer vi aldrig att se raderas, men med lite fanfictioners trickery tror jag det är möjligt att komma med ett ganska rimligt svar.
Vi vet att Charles tog serumet som gav honom förmågan att gå 1973. Eftersom han tog för mycket av serumet, avlägsnade han honom av sina psykiska förmågor. I DoFP-tidslinjen - den förändrade tidslinjen - Wolverine reser sig tillbaka till 70-talet och hans engagemang slutar effektivt Karlsons beroende av serumet, men i den ursprungliga tidslinjen, interagerade Logan aldrig med Charles på 70-talet, så det är uppenbart att Charles fortsatte tar serumet väl in i 80-talet. Om han sänkte sin dos gradvis, skulle han återfå sina psykiska krafter men behålla förmågan att gå.
För det faktum att han är freind med Erik i Last Stand flashback; Personligen tycker jag inte att det är väldigt långsökt att de kanske har gått ihop igen tillfälligt, och separerade sedan före händelserna av X-menna 1 igen, möjligen på grund av deras motsatta idealer.