Det finns ingen civil autopilot för en F-16, eftersom det inte finns några icke-militära F-16s. Ditto med F-117 eller B-1 eller B-2, så vem vet vilka unika lägen som autopiloterna har för sina unika militära uppdrag (det vill säga att släppa bomber eller efter terräng). Men när militärflygplanet har en icke-militärekvivalent (KC-10 / DC-10, KC-135 / B707, C-40 / T-43 / B737, C-21 / Learjet, T-44 / C-12 / KingAir, etc) så är autopiloterna i allmänhet identiska.
Eventuella skillnader kommer sannolikt att hittas i FMC-program snarare än i autopiloten, och dessa skillnader skulle vara mycket specifika för varje flygplan och sitt uppdrag.