Muggles var rädda för och överlägsen trollkarlar, och Hogwarts hade utbildade.
Som din egen citat säger, var Hogwarts grundad när en rädsla för magi var vanlig.
Grundarna var tvungna att gömma Hogwarts eftersom många Muggles fruktade magi. Muggles överträffade wizards, så om Muggles bestämde sig för att förstöra Hogwarts, skulle de troligtvis antingen lyckas direkt eller annars göra mycket skada, även om trollkarlar är mer skickliga i allmänhet. Mobs och gerillataktik kan så småningom besegra även de mest skickliga motståndarna, speciellt om deras antal är små. Vi vet att det finns mycket mer Muggles än trollkarlar, så Muggles skulle antingen vinna eller avklara den trollkarlsbaserade befolkningen i ett Muggle / wizard war.They built this castle together, far from prying Muggle eyes, for it was an age when magic was feared by common people, and witches and wizards suffered much persecution." - Harry Potter and the Chamber of Secrets, Chapter 9 (The Writing on the Wall)
Även om fakulteten kanske har bättre chans att försvara sig, skulle flertalet av Hogwarts vara unga guider som lär sig att använda magi, så de skulle vara relativt försvarslösa. Hogwarts skulle vara ett enkelt mål för Muggles som försöker minska antalet guider. Om Muggles kände till en plats där de utbildade unga trollkarlar att göra magi, skulle det givetvis vara ett uppenbart mål. Det är inte bara någonstans som bara trollkarlar skulle samla, men de flesta skulle vara utbildade studenter och därför lättare att döda.