I am wondering if we have to leave Mexico before the 90 day time frame is up on our esta (VWP) in order to be allowed re-entry to the US.
nr.
or if we are fine to re-enter as we left the states before the 90 day period was up and won't be returning until after we have been through Central.
Ja.
Reglerna för resor till Mexiko (bland andra länder) syftar till att förhindra att personer använder sådana resor för att kringgå 90-dagarsgränsen för VWP-besök, och dessa regler lämnar faktiskt ganska mycket utrymme för utrymme för invandring officer. Sannolikheten för att du är lagd till USA beror delvis på hur länge du planerar att stanna, vilket du inte har nämnt här, men från informationen du har gett oss finns inget som automatiskt hindrar dig från att återkomma. Tidpunkten för din resa från Mexiko till Centralamerika är inte relevant.