Fläkten roterar mycket sannolikt vid olika hastigheter vid uppvärmning mot kylning. Detta är inte ovanligt alls. I uppvärmningsläge är de typiskt låga, medan de i kyl- eller fläktläge är vanligtvis höga.
Som sådan kan det säkert vara så att det finns en viss obalans i din fläkt som uppskattar en harmonisk frekvens hos ugnen med låg hastighet, men när fläkten snurrar snabbare vid hög hastighet är inga sympatiska vibrationer upphetsade. därmed vibrationer med värme, men inte med luftkonditionering.
Som andra har sagt kan det också vara så att du har en inducerad blåsare för din gasugn som orsakar vibrationen, men det är vanligtvis mycket mindre blåsare än "huvudblåsaren".