Jag tror att det var ett avsiktligt val som gjordes av regissören / författarna snarare än något antydande om obscurernas ursprung.
I filmen upptäcker vi att de vanligtvis uppstår när ett magiskt barn represserar eller döljer sina förmågor, vanligtvis blir "smittade" med en obscurus. Det här är barn som vanligtvis är omedvetna om det magiska samhället och är ensamma, kvar för att hantera sina förmågor som inte möjligen är meningsfulla.
När vi ser obcurus i Newt är det i en ensam, kall, mörk miljö. Det här är fysiska manifestationer av vad det kan vara att vara ensam, ingen att hjälpa dig eller styra dig genom vad som händer.
Det är en dyster miljö eftersom det är vad de infekterade barnen vanligtvis upplever.