Genom RAW: Nej, det skulle inte hjälpa till med flankering.

De flankerande reglerna kräver att två varelser (specifikt allierade) står på motsatta sidor av varelsen de flankerar.

When a creature and at least one of its allies are adjacent to an enemy and on opposite sides or corners of the enemy's space, they flank that enemy [...]

Men ett andligt vapen räknas inte som en varelse eller allierad av någon annan varelse, det är helt enkelt ett flytande vapen. Det rymmer inte utrymme och kan inte attackeras.

You create a floating, spectral weapon within range that lasts for the duration or until you cast this spell again. When you cast the spell, you can make a melee spell attack against a creature within 5 feet of the weapon. On a hit, the target takes force damage equal to 1d8 + your spellcasting ability modifier.

Dessutom var det bekräftat av Jeremy Crawford att andlig vapen inte räknas som en annan fiende för smygangrepp, vilket är nästan samma villkor.

Medan många DM-användare kan ganska rimligt bestämma att ett flytande spektralvapen skulle vara ett tillräckligt villkor för att ge fördel, så gör det inte av RAW.