Även om hans personliga skäl naturligtvis aldrig avslöjas, och mer sannolikt beror på plot skäl finns det praktiska skäl till att man inte bara skulle använda en förmåga som det hela tiden.
Användningen försämrar synet till blindhetspunkten. Om du inte behöver det, använd det inte.
Ovanstående är den första länken som kommer upp när du google "Mangekyo Sharingan". Citat:
Over time, use of the Mangekyō Sharingan's techniques deteriorates the user's eyesight to the point of blindness.
EDIT
Om OP menade att fråga om Kakashi, är det troligtvis på grund av vad Sunpech sa, tomten var inte allt där än. Plus, överväga hur dränering av användningen av standard sharingan var på Kakashi nära början av serien. Stammen gjorde honom bedridd på grund av långvarig användning. Mangekyo-varianten är mycket mer dränering än basläget.
Sharingan själv var något som Kakashi använde very sparsamt, det följer bara att den mycket farligare mangekyo skulle användas mycket mindre.