AFAIK, det har inte funnits någon kanonbekräftelse på ett eller annat sätt. Fanteorin är att alla klontrupper har mardrömmar om att slå på Jedi som ett resultat av att 66-chipet är i deras hjärnor. I båda fallen där "mardrömmarna" nämns, ger de andra klonerna en ganska grim, knowing look.
Beställning 66 är inte hemlig. Det är en del av de stående beställningarna som ges till alla kloner. Dess omedelbara föregångare, Order 65 täcker samma sak för kanslaren under de korrekta omständigheterna. Taktiken för båda skulle ha borrats i dem flera gånger. (Vi först förstår att i S2: s "Brain Invaders" där ett företag med kloner som tagits över av Geonosian Brain Worms gör korta arbeten av Barris Offee och Ahsoka Tano. En klon går så långt som att öppet kommentera. "En sak vi kloner vet är hur man ta ner Jedi ... ")
Det som gör 66 olika är att chipet skulle "klippa ut" klonernas högre resonemangsförmåga och tvinga dem att helt och hållet följa.