Avsnitt 6 försökte täcka sina spår med avseende på marionettmästare . Eftersom Motoko och marionettmästaren hade slått samman, måste vi anta att de skulle vilja förstöra Motoko som ett lös slut. Faktum är att de skulle ha lyckats i det här målet hade Batou inte avböjt kulan avsedd för Motokos huvud. Efter att sniparna flydde scenen gömde Batou huvudet och lämnade bara kroppen som skulle rengöras och låta presumtionen av hennes död.
Avsnitt 9 kan bygga upp huvudets skal, men hennes hjärna är unik. Det finns inte två versioner av majoren. Batou överförde huvudet till en svart marknadskropp för att låta henne fly, och ett barns skal var det bästa han kunde göra på kort tid. Gömmer huvudet, ger henne en ny kropp och tar henne till ett säkert hus tillät henne att fly från att vara förföljd som marionettmästarens nya iteration (och låter henne fly från livet som hon redan ifrågasatte hela filmen).
Ghost i Shell wiki kan ge ytterligare förtydligande av dessa tecken 'motiv.