Jag tror att det bara är det faktum att KSI bara ser resterna som material, vilket de omformar till sina egna ändar.
De hade använt de andra transformatorerna, inklusive Sentinel Prime, Ratchet etc för att bygga de olika dronorna som Stinger. Alla dessa droner behöll formen de fick. Megatron sinnen, till skillnad från de andra var fortfarande aktiva. Det är detta fortfarande aktiva sinne som ombygger kroppen från vad de vill ha en mer som Megatron.
Den enda som visste att Megatrons hjärna fortfarande var aktiv var Hjärnor, som förmodligen på grund av sin ilska att vara fängslade inte hade något humör att dela med KSI.