Reglerna på 3 eller 6 månader ska vara säkra på att du inte bor i ett främmande land. Detta är inte ditt fall, för Pakistan är också ditt land. I allmänhet får man alltid komma in i sitt eget land, med eller utan handlingar. Problemet med att inte ha dokument: invandring bör kontrollera från andra källor att du verkligen är den person du säger att du är.
Ett utgått pass kommer att orsaka vissa problem, eftersom det bör kontrolleras vidare om förfalskning etc., men det kommer inte att förneka att komma in på eget land, och det är inte ditt fall: ditt pass är giltigt under hela din vistelse, så det är också legitimt i Pakistan.
Problemet uppstår oftast innan du kommer till "hemland": du kan få problem med flygbolaget. Men i ditt fall: du är "återvänder hem", och ditt dokument är fortfarande giltigt, så de borde inte bry sig.