Alla maskintyper vi ser i filmen gör bara det jobb de har programmerats att göra utan att ifrågasätta det. Även tecken som The Oracle, som fungerar som ett slags motmedel till Matrixen, är faktiskt utformad för att vara så; hon är programmet byggt för att representera idén om fri vilja, vs. arkitekten, som representerar predestination.
Logistiskt vet maskinnivåprogrammen bara vad de behöver veta för att utföra sina rutinuppgifter. Det är högst osannolikt att agenterna har någon aning om att matrisen själv redan vet var Zion är. Istället följer de sin programmering, som är att spåra och eliminera de fria människorna, och en del av jobbet innebär att man ska ta reda på var de gömmer sig utanför matrisen.
Detta berättar egentligen bara frågan; vad vi verkligen behöver svara är varför var de programmerade så? För att räkna ut det måste du förstå något som inte var väl förklarat i filmerna, men tydligare anges i tilläggsmaterialet: detta var tredje Matrix-försöket. De två första misslyckades eftersom människor inte är helt logiska varelser - deras hjärnor kommer inte bara att "acceptera verkligheten" som presenteras för dem, det måste välja deras verklighet. Det här konceptet att ge de pluggade hjärnorna friheten att agera som önskan är anledningen till att den tredje Matrix-iterationen överlevde.
Denna frihet leder emellertid till ett antal problem, det främsta är att vissa sinnen väljer att inte acceptera Matrisens verklighet. Arkitekten förklarar att nödvändigheten av fri vilja i Matrix betyder att de också måste ge människor friheten att fly, eller "glitches" som orsakas av deras avslag kommer så småningom att krascha systemet. Men självklart kan de inte bara släppa ut alla, eller så småningom kommer de inte att lämna någon kvar. Så de sätter upp det system vi ser i den tredje filmen: Varje gång springer matrisen ut The One som en återställningsbrytare, och maskinerna dödar alla andra och hela cykeln börjar över.
Ett stort problem med detta är att få den cykeln att slutföras framgångsrikt innebär att alla människor involveras för att göra rätt val, upp till och inklusive The One. Faktum är att arkitektens tal innebär att allt som hände i den första filmen, inklusive Neo räddade Morpheus från agenterna, var del av planen och måste hända i ordning att flytta mot en återställning av cykeln. Allt vi ser de mänskliga agenterna i filmerna var något Matrisen ville bli gjort, så det måste vidta alla försiktighetsåtgärder för att se till att de människor är på rätt väg.
Att kräva att människorna alla uppträder exakt som Matrix vill, innebär att man skapar ett scenario där dessa åtgärder är de naturliga besluten för människorna att göra. Saker måste spelas ut på ett sådant sätt att The One inte reda på vad som händer tills det är för sent att göra något åt det. En del av denna fasad innefattar programmering av program på lägre nivå, som agenter, som verkligen tror de jakter på människor, så människorna har en legitim fiende att kämpa emot.