Jag tror att detta är Matrix version av "Det är nu säkert att ta bort enheten från datorn."
Vi vet att matrisen är ett program som är nära sammanflätat med ditt sinne och hjärnan på något sätt, alltså skadorna och dödsförbindelsen. Det verkar som att det måste frigöras på ett säkert sätt innan ett program kan lossas (den kvarstående självbilden är i sig ett program som körs inuti matrisen men kontrolleras av dess ägare).
När det gäller platsen för utgångarna: Matrisen verkar vara ett mjukvarusystem där allt har en fysisk manifestation inom den. Det finns inget icke-korporalt program som körs inom den så långt jag vet. Agenter är inte systembrett sökprogram, men mänskliga program. Spårämnet är ett piller. En bugg är en insektsliknande enhet som gräver i magen osv.
Så när de laddar något program i matrisen, till exempel en exit-subrutin, tror jag att de måste ladda den till en fysisk plats med en fysisk form. Därför telefonbåsen.