Din slutliga spekulation är korrekt.
I "Hell Bent" blir läkaren väldigt arg på vad som hände med honom efter "Face the Raven". I synnerhet säger han att:
the confession dial was never meant to be used the way his was used -- to basically torture and interrogate a living Time Lord.
Vi kan härleda att doktorn aldrig skulle ha ställt upp sin bekännelsesklocka för att agera på det sättet, så att de personer som har handlat med Ashildir måste ha gjort det. De skulle ha behövt tillgång till det för att göra det, så de hade Ashildir ta det innan han teleporterade.