Federationspresidenten är chefen för Starfleet i DS9-tiden
Från DS9: Paradise Lost :
JARESH-INYO: Your story has a certain logic to it, gentlemen, but what it lacks is proof.
SISKO: You want proof? Order Admiral Leyton to withdraw his troops from the streets. See what he does.
JARESH-INYO: You think he would refuse a direct order from his Commander-in-Chief?
SISKO: If he orders his troops to stand down, then I'm wrong and I'll offer my resignation. But I don't think that's going to happen. With those troops in place, Admiral Leyton controls Earth. And he's not going to give up that control until he's convinced that he has ended the Dominion threat.
Denhärdelenvisardefinitivtattfederationspresidentenharbefogenhetöveradmiralernaochkanutövaden(ävenomdetpågrundavdenkompliceradesituationeniepisodenföreslåsattLeytonkanbeslutaattinteföljadenordningen).
I Star Trek VI: Det oupptäckta landet är C-in-C den högst rankade tjänstemannen i Starfleet, som enligt Memory Alpha (jag inte har hittat några kanonkällor), tar endast order från presidenten och federationsrådet. Detta kan föreslå att båda organen kan utöva myndighet över Starfleet, genom C-in-C.